小規模な個人事業者にも税務調査は行われます。
商売の規模（年商）がある一定水準を越えると税務調査が行われるように思います。
また急激に売上が伸びて対前年比で2倍3倍となった場合や在庫が異常に増えたり減ったりした場合にも税務調査が行われるように思います。
ただ、会社（法人）よりも税務調査が行われる頻度は少ないのは確かですね。
さて我々税理士は税務調査の立会いを業務としていますので税務調査はさほど特別な出来事ではない感覚です。
しかし、普通に生活や仕事をしていれば、税務調査はほとんど関係のないことです。
できればそんなことを考えたくないというのが本音でしょう。
税務調査は大企業、一部のお金持ちや著名人に行われると思いがちです。
しかし残念ながら個人事業者にも税務調査は行われます。税務署には個人事業者を調査する部署があるのです。
実際に飲食店、小売店、開業医、自動車販売など個人事業者にも税務調査は行われています。
税務調査にやってくる調査官は「納税ミスを見つけること」が仕事です。
建前は「正しい納税の確認調査」ですが、現場にいると本音がよくよくわかります。
調査官はあらゆる手段と経験、勘を使ってしつこく疑い深い調査を行います。
提出された申告書や決算書などの法定資料の吟味、保険会社からの支払調書、取引先からの支払調書、内部告発（退職した従業員など）、現況調査などを行いますです。
税務調査を受けることは決して特別なことではありません。
通常の税務調査は任意調査で、われわれ納税者の協力によって行われます。
ですからこちらの都合が悪ければ日程変更もできるのです。
テレビや映画の影響で大げさなイメージがつきまといますが、あれらは査察が行う強制調査です（強制調査は捜査令状を持ってくる本格的な調査です）。通常は任意調査ですから過度な心配は無用です。
そして税務調査を受けることになったら顧問税理士に立会いを依頼するのがよいでしょう。
税務署からやってくる調査官は調べるプロです。
調べることが仕事ですから、納税者と議論になった場合の勝敗は目に見えています。
税金にはグレーゾーンが多く存在します。
しばしは税務調査で議論になるのはこのグレーゾーンと相場が決まっています。
解釈によっては課税されたり課税されなかったりします。
また、納税者は実際の現場では慣れないことに緊張してしまいますし、税に対する知識が少ないので税務署の言いなりになってしまうこともあります。
さらに、あってはならないことですが税理士の立会いありとなしでは調査官の態度が違うことがあるそうです。自分だけで税務調査をうけるのは絶対に得策と言えません。
プロアマ戦は絶対にやめましょう。